首都圏の食品スーパー（SM）、総合スーパー（GMS）は、備蓄需要の高まりで前日の11日時点から水や缶詰、パン、カップ麺、菓子が品薄となった。

翌12日は、前日から全店休業を決定したところと、短縮営業を選択したチェーンとで対応が分かれた。GMSではイトーヨーカ堂が全店休業、イオンリテールは短縮営業を行った。SMの全店休業はオーケー、マルエツ、いなげや、東急ストアなどで、ライフコーポレーションやヤオコー、サミットは昼ごろまでの短縮営業を選んだ。展開エリアとはほぼ関係なく、各社それぞれで判断が異なった。

13日は平常通りオープンするところが多く、遅れる場合でもほとんどが昼には営業を再開した。ただ、川の氾濫などの水害に見舞われた北関東や埼玉西部、長野などの一部店舗は、復旧が間に合わず休業が続いた。翌14日もカスミの茨城・埼玉の2店、ベイシアの栃木・長野2店は休業のままで、このうち数店は再開のめどが立っていない。ネットスーパーの配達にも影響が出た。ライフコーポレーションは15日に再開、ヤオコーは16日まで休止する。

店がオープンしてもカテゴリーによっては商品供給が滞った。13日時点ではパンやチルド麺、牛乳・ヨーグルト、豆腐・納豆といった日配や、カップ麺などで品薄が続いた。惣菜ではアウトパック商品の一部や、店内加工でも原材料の供給が滞った商品が欠けた。（宮川耕平）